L'un des nombreux rôles de la Caisse des écoles du 3e est d'assurer la gestion de la restauration scolaire. Chaque jour, sa responsabilité est de nourrir les enfants qui fréquentent les restaurants des écoles publiques. Cela comprend l'élaboration des menus, la surveillance de la qualité nutritionnelle des repas, l'information aux parents et la mise en place d'un dispositif permettant de garantir la traçabilité des aliments.
La Caisse des écoles fournit également les repas aux centres de loisirs. Chaque parent est appelé à s'impliquer dans les choix de la Caisse des écoles en adhérant ou en participant aux commissions des menus.

Un soin tout particulier est aussi désormais apporté à la prise en compte spécifique des problèmes allergiques. Dans les cas d'allergies alimentaires et pour les élèves dont l'état de santé nécessite un régime alimentaire particulier, la mise en place d'un panier-repas est inscrite dans le projet d'accueil individualisé (PAI). La famille assure la responsabilité de la fourniture du repas, du conditionnement et du transport. Par ailleurs, les surveillants de cantine reçoivent une petite formation médicale afin d'assurer les premiers soins en cas de crise.